Para el CFDI 4.0 el SAT agregó una valiación que evita que el campo "Base" de un impuesto tenga que ser mayor a cero.

El error puede ser por situaciones:
1. Utilizar un descuento del 100%.
2. El precio del producto es cero.

Para solucionar, debe colocar un precio correcto al producto o ajustar el descuento.